Divers contemporains de Quinault mentionnent des oeuvres qui ne nous sont pas parvenues. Certaines, comme le Poème de Sceaux ou L'Hérésie détruite, ont été trouvées, mais de nombeuses autres semblent avoir disparu. On lit dans la Vie imprimée de Boscheron (éd. de 1715, p. 60) :
M. Gaillard [...] a entre ses mains tous les Manuscrits de son beaupere : mais il ne peut les donner au Public, parce qu'il est expressément ordonné par le Testament du défunt que tous les Ouvrages qu'il laisseroit après sa mort ne seroient pas mis au jour. La description de la Maison de Sceaux de M. Colbert, Poëme des plus ingenieux & des plus agreables, fait partie de ces Manuscrits. Les autres sont, la Pastorale Allégorique sur le Mariage du Roi, dont j'ai déjà parlé [Lysis et Hespérie] ; une petite Comédie intitulée les Madrigaux ; le Poëme de l'Héresie détruite, qui est resté imparfait ; & un grand nombre de petites Pieces en Vers & en Prose sur differens sujets.
Une liste plus détaillée de ces oeuvres se trouve à la fin de la Vie manuscrite de Boscheron (transcription de ce passage):
Traductions en vers de plusieurs poètes latins
Fragments de pièces de théâtre, de poèmes lyriques
Plusieurs odes et sonnets, descriptions en vers
Mélanges de pièces en prose et en vers
Deux "petits ouvrages de vers" lus à la réception de l'abbé Colbert à l'Académie Française, 30 octobre 1678. Le premier contenait peut-être des vers de la "Relation nouvelle du Parnasse" sur la modestie du ministre Colbert.
L'Adieu aux Muses, discours en vers ; probablement L'Hérésie détruite,, où on lit aux vers 3-4 "Je vous dis adieu, muse tendre, / Et vous dis adieu pour toujours" (voir Gros, Quinault, p. 787, note)
L'amour piqué, fable, réponse ou satire contre Boileau. Il est possible que cette fable et cette réponse soient deux oeuvres différentes ; cependant, tous les autres titres -- même odes et sonnets -- sont soulignés, et "réponse ... Boileau" ne n'est pas.
Le Jugement de Pâris, opéra pastoral ; Boscheron pense-t-il au Jugement de Pâris, pastorale héroïque représentée à l'Académie Royale de Musique en juin 1718 (le manuscrit de Boscheron porte la date de 1722), avec musique de Bertin ? Le livret est attribué aujourd'hui à Mlle Barbier, avec la collaboration possible de l'abbé Pellegrin.
Tibres, d'un tableau de Lebrun, lu à l'Académie Française ; Le Brun fit une "Allégorie du Tibre" entre 1643 et 1645.
L'Empire de la mode, nouvelle allégorique (voir la description de Somaize, article Ménopée).
Boscheron décrit dans la Vie manuscrite une autobiographie romancée L'Amour sans faiblesse, dont on peut lire le sommaire dans Gros, Quinault, p. 57-58.